Gene Dmel\cad
| General Information | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Symbol | Dmel\cad | Species | D. melanogaster | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Name | caudal | Annotation symbol | CG1759 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Feature type | protein_coding_gene | FlyBase ID | FBgn0000251 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Created / Updated | 2003-12-01/2003-12-01 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genomic Location | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Chromosome (arm) | 2L | Recombination map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Cytogenetic map | 38E9-38E10 | Sequence location | 2L:20,770,735..20,783,142 [+] | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Map ( GBrowse ) |
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Summary Information
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Automatically generated summary
See sections below for more information | The gene caudal is referred to in FlyBase by the symbol cad (CG1759, FBgn0000251). It has the cytological map location 38E9-38E10. Its sequence location is 2L:20770735..20783142. Its molecular function is described as: RNA polymerase II transcription factor activity; specific RNA polymerase II transcription factor activity; sequence-specific DNA binding; transcription factor activity. It is involved in the biological processes: gastrulation involving germ band extension; germ-band extension; hindgut morphogenesis; segment specification; genital disc development; Malpighian tubule morphogenesis; analia development; anterior/posterior axis specification; genital disc anterior/posterior pattern formation; regulation of transcription, DNA-dependent. 23 alleles are reported. The phenotypes of these alleles are annotated with 19 unique terms, many of which group under: anatomical structure; adult; organ system; embryonic segment; embryonic tagma; embryonic abdomen; abdominal segment 8; organism; abdominal segment 10; embryonic head; peripheral nervous system; adult segment; late extended germ band embryo. It has 2 annotated transcripts and 2 annotated polypeptides. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| External Summaries | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phenotypic Description from the Red Book (Lindsley & Zimm 1992)
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| Gene/Allele symbols may differ from current usage | cad: caudal
Homozygous lethal; homozygous cad embryos from cad/+
mothes develop into nearly normal first-instar larvae, which,
however, lack cuticular structures of the external terminalia,
e.g., the anal tuft, parts of the anal pads and the terminal
sense organs. Distribution of cad+ gene product in such
embryos indistinguishable from that in their cad/+ and +/+
sibs, evidently maternally derived. cad/+ offspring from
cad/cad oogenic cysts indistinguishable from those from cad/+
cysts; larvae lack portions of the eighth abdominal segment
and sometimes parts of the fourth and less frequently other
even-numbered abdominal segments; frequently they develop into
normal adults. cad/cad embryos from homozygous cad cysts
display variably abnormal segmentation; head and anterior
thorax normal; many posterior segments deleted with T2 and
odd-numbered abdominal segments more resistant to deletion;
most of eighth abdominal segment and terminalia (but not some
parts of posterior spiracles) deleted; replaced by small
plates of sclerotized cuticle resembling mouth hooks. Maternal germ-line transciption of the cad/+ gene demonstated by
the detection of transcript in oocytes and nurse cells; transcripts uniformly distributed in early embryos; in the syncytial blastoderm transcripts disappear from the anterior end of
the embryo and an anterior-posterior gradient develops with
heaviest concentration posteriorly. The cellular blastoderm
shows a band of hybridization three to five cells wide encircling the embryo .13 to .19 of the distance from posterior to
anterior end; label is internalized during gastrulation and is
seen in hind gut, midgut, and Malpighian tubules. Immunocytochemical observations detect no cad polypeptide until the
stage 5 or 6 embryo. In the syncytial blastoderm there is
dramatic accumulation of cad polypeptide in the same antero-posterior gradient as observed for transcript; the polypeptide
localizes strongly to nuclei during interphase. The same gradient develops over time in unfertilized eggs. Subsequent
collapse of the gradient into a posteriorly disposed circumferential band follows the behavior of transcript. Embryos
produced by homozygous BicD or bcd females display an uniform
distribution of cad+ product, which subsequently becomes restricted to symmetrically disposed anterior and posterior rings
of cad polypeptide. During gastrulation cad+ polypeptide persists in a position suggesting a fifteenth parasegment, in the
posterior midgut and Malpighian tubules, in six narrow bands
at double segment intervals, in pairs of neuromeres initially
in parasegments 1-14, later in thorax and anterior abdomen,
and in portions of the genital disc, possibly precursors of
the analia. In third instar larvae transcripts are also found
in germ cells of both sexes and in the presumptive hind gut
and analia of the genital disc. The cad gene product can
increase the level of ftz transcription in the posterior half
of the embryo by interacting with multiple copies of a TTTATG
consensus sequence located in the zebra-stripe element of the
ftz promoter (Dearolf, Topol, and Parker, 1989, Nature
341: 340-42).
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Detailed Mapping Data
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| FlyBase Computed Cytological Location | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Cytogenetic map Evidence for location 38E9-38E10
Limits computationally determined from genome sequence between P{PZ}Hr3802306&P{PZ}dia1 and P{EP}CG31673EP432
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| Experimentally Determined Cytological Location | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Cytogenetic map Notes References 38E-38F (determined by in situ hybridisation)
38E-38F (determined by in situ hybridisation)
38E5-38E6 (determined by in situ hybridisation)
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| Experimentally Determined Recombination Data | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Location | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Left of (cM) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Right of (cM) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Notes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Map Data | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Order (in direction of increasing cytology)
References In direction of increasing cytology: anon-38E.18- cad+ Pomp+ Gene Order (overall orientation not stated) References | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Model & Products
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Please see the
GBrowse view of
Dmel\cad
for information on other features
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| Comments on Gene Model | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript Data
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| Annotated Transcripts | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Name FlyBase ID RefSeq ID Length (nt) Associated CDS (aa) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Additional Transcript Data & Comments | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reported size (kB) | 2.6, 2.4 (northern blot) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Comments | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| External Data | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Crossreferences | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Polypeptide Data
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| Annotated Polypeptides | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Name FlyBase ID
Predicted MW (kD)
Length (aa)
Theoretical pI
RefSeq ID
GenBank protein
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| Additional Polypeptide Data & Comments | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reported size (kD) | 197 (aa) 472 (aa) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Comments | cad protein forms a
gradient from posterior to anterior in the developing embryo and this gradient
is dependant upon bcd protein. The PEST domain of bcd protein is necessary
for the maintainance of the cad gradient, as deletions of PEST sequences in
the bcd coding region resulted in an inability to repress cad protein
translation in the anterior region of the embryo. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| External Data | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Linkouts | PANTHER
- Protein classification by function, families, and pathways
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| Crossreferences | InterPro
domains - A database of protein families, domains, and functional sites
• Helix-turn-helix motif, lambda-like repressor (IPR000047)
Homeobox (IPR001356)
Homeodomain-like (IPR009057)
Homeodomain-related (IPR012287)
Homeodomain Cdx (IPR015705)
TRANSFAC
- Eukaryotic transcription factors, their genomic binding sites, and DNA-binding profiles
•
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Sequences Consistent with the Gene Model
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| DDBJ
/
EMBL / GenBank | DNA sequence Protein sequence Name | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| UniProtKB/Swiss-Prot | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| UniProtKB/TrEMBL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Maps to | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Does NOT map to | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Identified with | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mapped Features & Mutations
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Please see
GBrowse
or insertion reports for information on insertions of transgenic
constructs and features not listed here
Type Symbol & Location Additional Notes References protein binding site cad-protein_bind-9 2L:20,782,446..20,782,566 bound_moiety=bcd-XP comment=bicoid binding region (BBR); position on reference sequence inferred by FlyBase curator based on mRNA coordinates reported in FBrf0086595. evidence=experimental | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
External Data
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| Linkouts | DEDB
- Drosophila exon database: splicing graphs
• | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Crossreferences | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression Data
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| FlyBase-Curated Data | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Transcript and Protein data | Please see the FlyBase Gene Expression Report for details of gene expression from the literature. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary of Transcript Expression
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Stage Tissue/Position
Reference
embryonic stage | <embryonic cycle 12
embryonic stage | >=contracted germ band stage
hindgut primordium
oogenesis stage,adult stage
egg chamber
larval stage | third instar
Malpighian tubule
embryonic stage | extended germ band stage
amnioproctodeal invagination
embryonic stage | >=contracted germ band stage
posterior midgut primordium
oogenesis stage,adult stage
egg chamber
oogenesis stage,adult stage | stage S11-S14
oocyte
embryonic stage | embryonic cycle 13
embryonic stage | stage 4
embryonic stage | cellular blastoderm
larval stage | third instar
gonad
embryonic stage | 16-18 hours
embryonic/larval midgut
oogenesis stage,adult stage | stage S6-S11
nurse cell
adult stage | female
oogenesis stage,adult stage
nurse cell
oogenesis stage,adult stage
oocyte
embryonic stage | stage 13
posterior embryonic/larval midgut
adult stage | female
embryonic stage | stage 5
embryonic stage | stage 5
embryonic stage | early
embryonic stage | stage 13
anal pad
embryonic stage | cellular blastoderm
embryonic stage | extended germ band stage
amnioproctodeal invagination
embryonic stage | extended germ band stage
proctodeum
larval stage | third instar
genital disc | posterior
embryonic stage | stage 4
embryonic stage | syncytial blastoderm
embryonic stage | >=contracted germ band stage
posterior midgut primordium
oogenesis stage | unfertilized egg
embryonic stage | >=contracted germ band stage
hindgut primordium
larval stage
embryonic stage | 16-18 hours
embryonic/larval hinddgut
embryonic stage | embryonic cycle 13-14
pupal stage | <early
larval stage | third instar
posterior midgut primordium
embryonic stage | stage 4
embryonic stage | >=2-4 hr
embryonic stage | stage 4
embryonic stage | 16-18 hours
malpighian tubules | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Marker for | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Subcellular Localization | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CV Term | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary of Polypeptide Expression
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Stage Tissue/Position
Reference
embryonic stage | stage 14
posterior midgut
embryonic stage | contracted germ band stage
epidermis | posterior
embryonic stage | stage 4
embryonic stage | embryonic cycle 8-14
embryonic stage | gastrula
pole cell
larval stage | third instar
male genital disc | restricted
embryonic stage | stage 14
malpighian tubule
embryonic stage | embryonic cycle 9
embryonic stage | embryonic cycle 14A
embryonic stage | embryonic cycle 12-14
pole cell
embryonic stage | extended germ band stage
posterior midgut primordium
oogenesis stage
unfertilized egg
embryonic stage | extended germ band stage
amnioproctodeal invagination
embryonic stage | stage 4
embryonic stage | stage 11
embryonic stage | embryonic cycle 14B
embryonic stage | stage 4
embryonic stage | late
posterior embryonic/larval midgut
embryonic stage | extended germ band stage
hindgut primordium
larval stage | third instar
female genital disc | restricted
embryonic stage | embryonic cycle 10-13
embryonic stage | extended germ band stage
germ band | posterior
embryonic stage | gastrulation
embryonic stage | stage 11
embryonic stage | stage 4
embryonic stage | late
embryonic anal pad
embryonic stage | contracted germ band stage
anal pad | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Marker for | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Subcellular Localization | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CV Term | nucleus cytoplasm
nucleus | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Microarray Data
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Developmental timecourse, Costello et al., 2008 (Original data from Arbeitman et al., 2002)
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External Data & Images
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| Linkouts | FLIGHT
- Cell culture data for RNAi and other high-throughput technologies
FlyAtlas
- Adult expression by tissue, using Affymetrix Dros2 array
GEO (NCBI)
- Gene expression data: microarray and other high-throughput technologies
FlyExpress
- Embryonic expression images (BDGP data)
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Alleles & Phenotypes
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Summary of Allele Phenotypes
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Lethality Allele Other Phenotypes Allele Phenotype manifest in Allele | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Classical Alleles
( 8 ) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| For All Classical Alleles Show | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Alleles Carried on Transgenic Constructs
( 15 ) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| For All Alleles Carried on Transgenic Constructs Show | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Stage(s)
1-3
Stage(s)
4-6
Stage(s)
7-8
Stage(s)
9-10
Stage(s)
11-12
Stage(s)
13-16